院務會議：由院長、各學系主任及教師代表共二十一人組成，討論本院有關院務事項。
院教師評審委員會：由院長及各學系教師代表共十一人組成，掌理教師聘任、升等、休假等事項。
院行政會議：由院長及各學系主任組成，每月開會一次，討論有關院務行政事項。
院課程委員會：除院長及各學系主任外，各學系推選教師代表一人組成。審議本院各學系課程、規劃及審訂本院廣博科目、全校性選修等課程。
生物實驗安全委員會：設委員五人，由院長任命相關學系教師擔任，並指定其中一人為主任委員。審議研究計畫應用到基因重組實驗者之申請案。
東吳大學超庸館安全委員會：設主任委員一人，由各委員相互推舉產生，負責召集並主持會議及相關事宜。超庸館使用單位之主管為當然委員。超庸館使用單位推舉學生代表各一人。
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