民國五十八年本校設數學系於文理學院，隔年增設物理學系、化學系兩系，並合併原隸文理學院的數學系，成立理學院於本校外雙溪校區，六十三年理學院超庸館落成啟用。民國六十九年增設微生物學系，民國七十七年再成立微生物學系碩士班，民國七十八年增設心理學系，民國八十一年、八十三年分別成立數學系與化學系碩士班，漸具科學教育的規模。
理學院的教育理念秉承崇理務實的精神，積極創新的態度， 培養學生具有文化氣質、理學通識與探究科學的知能。有鑑於世界文明之變遷，大學教育的發展更趨國際化與資訊化、團隊合作日益重要，積極鼓勵教師專業的交流與整合，激發學術研究的活力，以提昇學術品質，造福社會。
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